Le conseil intersectoriel, instance de coordination et de décision, est composé d’une vingtaine de personnes qui représentent les fédérations, les regroupements, l’AREQ-CSQ (l'Association des retraitées et retraités de l'éducation et des autres services publics du Québec) et le conseil exécutif de la CSQ.
Le conseil intersectoriel a pour fonctions notamment :